大河原伝七（福士誠治）は、同心の杉内久左衛門（石倉三郎）らとともに、阿片が取引されているという船着場を調べるが、旗本の望月十郎(梨本謙次郎)の船を取り調べたせいで、筆頭同心の坂本勘助（宇梶剛士）から蔵の整理役を命じられてしまう。
代わりに見廻り同心として渡辺小五郎（東山紀之）と組むことになったのは、安川新吾（市川亀治郎）だった。
新吾は5年前、見廻りの最中に火事に巻き込まれて死んだ父の跡を継いで同心になった仕事熱心な男だ。
新吾は見廻り中に、望月の中間・平内（中西良太）と如月（谷村美月）がもめているところに出くわす。
まんまと逃げおおせた如月だったが、このとき平内からスったサイフには、阿片と、その取引に用いる木札が入っていた。
そのせいで、如月は涼次（松岡昌宏）ともども命を狙われてしまう！
そんな矢先、香具師の元締めで裏世界の顔役である入船の嘉助（有川博）が何者かによって殺された。
嘉助は大の阿片嫌いで知られていたため、新吾は阿片を売りさばく者の犯行だとにらむ。
そんな新吾に、間一髪で難を逃れた如月から平内のサイフが届けられた。
事件に平内が絡んでいると知った新吾が望月家を張っていると、源太（大倉忠義）の昔の友人で阿片の売人である米七（市瀬秀和）がやってくる。
新吾は、屋敷から阿片を持ち出した米七をつかまえ、事件の真相を問いつめるが、米七は暗闇奉行なる人物が黒幕であることを告げたところで、何物かによって投げられた手裏剣によって殺された。
怒りに燃える新吾だが、望月家を調べていることがわかると、勘助から蔵の整理役を言い渡されてしまう。
だが、蔵の整理をしていた新吾は、古い文書から、かつて父親も暗闇奉行を追っていたことを知る。
新吾は、当時、父親と組んでいた杉内に相談するが、暗闇奉行のことは他言しないように忠告される。
そこで、新吾は如月から受け取った木札を使って、望月家に潜入を試みる。
だが、正体を見抜かれて、阿片を吸わされた末に暗闇奉行によって殺されてしまう。
暗闇奉行の正体は、同心・杉内だったのだ。
嘉助に世話になったお菊（和久井映見）が頼み人となって、仕事が始まった。
まず、源太が船着場にいる平内に船で近づき、からくり蛇で命を奪った。
次に、中村主水（藤田まこと）と涼次が、座敷で芸者遊びに興じる望月とその警護をする塚田を仕留める。
そして、小五郎が杉内を斬り捨て、新吾の仇を討ったのだった。