江戸の河原に辻斬りが現われ、街は騒然となる。
一方、南町奉行所では、江戸随一と言われる剣術師範の笠原監物（目黒祐樹）と息子・太平（浜田学）を招いて、指南を受けることになった。
剣術の稽古と聞いて、見廻り同心・渡辺小五郎（東山紀之）や自身番の中村主水（藤田まこと）は憂鬱な気分に。
一方、源太（大倉忠義）は、往来で若侍たちに絡まれたところを、佐藤数馬（忍成修吾）という若者に助けられる。
彼は笠原の道場で剣の腕を磨く剣士であった。
数馬の気持ちの良い人柄と、貧しさに負けずに息子を支える母・みち（賀来千香子）の優しさに触れ、心の和む源太。
そんな矢先、数馬が剣の腕を認められて、太平の付け人になることが決まった。
息子の夢を叶えるため、汗と埃にまみれて働くみちの力になろうと、源太は花御殿のお菊（和久井映見）に相談して、経師屋の涼次（松岡昌宏）の手伝い仕事を紹介した。
ところが、太平の付け人となった数馬が知らされたのは、太平とその付け人・加治田文蔵（尾上松也）と松村金八（仲野毅）が辻斬りの正体だという事実だった。
ショックを受けた数馬は母・みちに道場を辞めたいと申し出るが、辻斬りの事実を知らないみちは、もう少し辛抱してみろと説くのだった。
源太の励ましもあって、数馬は悩んだ末に道場を辞めようと決心する。
しかし、秘密が漏れるのを恐れた太平たちによって、激しい稽古の形を借りた“かわいがり”によって、袋叩きにされて殺されてしまう。
太平は、数馬の死を稽古中の事故と説明。
かの笠原道場で起こった事件とあって、筆頭同心の坂本勘助（宇梶剛士）も詳しく調べようとしない。
結局、数馬の死は事故として片付けられた。
泣き崩れるみちを前に、源太も憤りを隠せない。
実は、監物は事件の真相に気づいていた。
しかし、彼は将軍家剣術指南役になろうとする息子かわいさのあまりに、太平に武者修行の旅に出るよう命じ、その間に事件の隠蔽をしておくと告げた。
笠原道場を訪れ偶然その話を聞いたみちは、監物の卑怯さを責め、息子を返せと迫るが、逆に監物によって斬り捨てられてしまう。
涼次がみちに払い損ねた手間賃を頼み料に、仕事が始まった。
お菊が太平らを誘って酒に酔わせると、涼次が松村を、主水が加治田を、源太が太平を仕留めた。
一方、小五郎は笠原道場を訪れ、監物を斬ったのだった。