出演者：木村拓哉（SMAP)・綾瀬はるか・水嶋ヒロ・平泉成・設楽統(バナナマン)・山崎樹範・SHIHO・木下優樹菜・井坂俊哉・林泰文・小林克也・田中裕二(爆笑問題)・トータス松本・大地真央・香川照之・市川海老蔵・上川隆也・光石研・鈴木一真・浜田晃・清水紘治・大林丈史

主題歌：ヴァン・ヘイレン「JUMP」 



『 科警研 』 が犯罪捜査の進歩に大きな貢献をしたことが認められ、警察庁副長官・川瀬要三 (大林丈史) が表彰のためにやってくることになった。
ところが、九十九 (木村拓哉) をはじめとする科警研のメンバーが玄関先で出迎えようとしたとき、目の前で副長官が何者かにライフルで撃たれてしまう。
警察はすぐさま近隣のビルを封鎖して厳戒態勢に入るが、犯人はなかなか捕まらない。
九十九は、狙撃現場に残された、血で×印の描かれたハンカチを見て、これは 「 自分たちへの挑戦状 」 だと気がつく。
日が変わり、今度は元警視庁の捜査一課・刑事部長を務めた衆議院議員・尾崎幸平 (浜田晃) が誘拐された。
尾崎の車にも血で×印が描かれたハンカチが残されていたため、警察は副長官射殺事件と同一犯の犯行であると断定。
犯人は 「 48時間以内に尾崎を処刑する 」 との声明文を出すのだが… !? 
さらに、刻々と時間が過ぎていくなか、ついに第三の誘拐が起こってしまう。