出演者：佐藤隆太・市原隼人・小出恵介・城田優・中尾明慶・高岡蒼甫・桐谷健太・佐藤健・五十嵐隼士・川村陽介・尾上寛之・村川絵梨・天野ひろゆき・浅野和之・吹石一恵・伊武雅刀・森山未來・綾瀬はるか

主題歌：GReeeeN「キセキ」

原作：森田まさのり「ROOKIES」



目黒川高校との練習試合に勝利し、過去の自分たちと決別したニコガクナイン。
その後、他校との練習試合を重ね2勝1分けの戦績を記録し、ニコガク野球部はまさに絶好調。
そんなある日、川藤 (佐藤隆太) の元に、夏の甲子園の抽選会の知らせが届く。
藤村校長 (大杉漣) や 島野 (平山広行)、掛布 (天野ひろゆき) らは、野球部が起こした過去の乱闘事件のことを引き合いに出し川藤に注意を促すが、ニコガクナインの夢への想いの強さを信じる川藤は「期待していてください！」と、校長らに強く宣言する。
そんな折、練習を終えたニコガクナインは、校舎の片隅で生徒を脅している数人の一年生不良グループを見つける。
新庄 (城田優) が歩み寄りそれを制止すると、不良グループの一人、上坂 (遠藤要) が「マジで野球をやってるのか？」と、ニコガクナインに嫌味っぽく問いかける。
「もっと熱くなれることを見つけろ」と 安仁屋 (市原隼人) が言い返すが、それを聞いた上坂はケンカで東京制覇をするという。
ニコガクナインは大爆笑するが、「野球をできなくしてやろうか」という上坂の言葉に一触即発の状態に。
と、そこに偶然、川藤がやってくると、上坂たち不良グループは去っていった。
次の日の早朝、川藤とニコガクナインは甲子園出場の願掛けに神社をお参りすると、ナインを代表して 御子柴 (小出恵介) とマネージャーの 塔子 (村川絵梨) が、甲子園の抽選会へと向かう。
その一方、ニコガクナインが登校すると、グラウンドに生徒の人だかりが…。
そこに目をやると、野球部のスコアボードが叩き割られ、マウンドにはゴミや廃材が散乱し荒らされていた。
グラウンドに集まり愕然としている川藤とニコガクナイン。
若菜 (高岡蒼甫) がふと振り返ると、グラウンドの端で上坂たち不良グループがナインを見ていた。
上坂たちがケンカを仕掛けてきたと分かった若菜は、上坂のところへ行こうとするが、それを川藤が制止する。
上坂の目的は？
ニコガクナインは、上坂の挑発に対してどう立ち向かうのか !?